조세특례제한법 99조의2 적용시 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우, 양도소득세는?

이번 포스팅에서는, 조세특례제한법 제99조의2 적용시 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우, 양도소득세는 어떻게 되는지 계산방법 등에 대해 자세히 살펴보겠습니다. 이전 포스팅에서는, 조특법 제99조의2 특례주택에 해당하기 위한 요건 등에 대해 살펴보았는데, 본 포스팅 마지막에 이를 첨부하였으니 꼭 확인해 주시기 바랍니다. 그리고 홈택스를 통해 실제 양도소득세 신고하는 방법(5년 이내 양도)에 대한 포스팅도 마지막에 첨부하였으니, 꼭 확인해 주시기 바랍니다.

 

표제-조세특례제한법-99조의2-5년이후-양도세

 

1. 취득일로부터 5년 경과 후 양도시 양도소득세 등 계산방법

 

며칠전, 지인이 저에게, 자기가 소유한 주택 중 하나가 조특법 제99조의2 특례주택에 해당하는데, 해당 주택이 저평가된 거 같아 취득일로부터 5년 이후에 좀 더 상승된 양도가액으로 양도하는 건 어떠냐고 연락한 적이 있었습니다. 지인 소유 주택을 기준으로, 조특법상 특례주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우와 5년 이후에 양도하는 경우를 비교하면서, 어떤 경우가 이익 측면에서 더 좋은지 살펴보겠습니다.

 

먼저, 조특법상 특례주택을 취득일로부터 5년 경과 후 양도시, 양도소득세 등 계산방법에 대해 큰 틀에서 말씀드리겠습니다. 일반적인 양도소득세 계산방법과 비슷하지만, 두 가지 점만 유의하면 비교적 쉽게 구할 수 있을 겁니다.

 

첫째, 조특법상 특례주택 취득일로부터 5년 경과하여 양도하는 경우, '5년 치에 대한 감면대상 양도소득금액' 부분입니다. 5년 이후에 양도하더라도, 5년 치에 대한 양도소득 부분에 대해서는 감면을 받습니다. 그 산식은 다음과 같습니다(산식을 통해 나온 금액은 양도소득금액에서 차감하면 되는데, 이에 대해서는 '2.'항에서 구체적으로 살펴보겠습니다).

 

 

양도소득금액 * (취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가-취득시 기준시가) /(양도시 기준시가-취득시 기준시가)

 

둘째는, 감면에 따른 농어촌특별세를 별도로 구해주는 것입니다. 이를 위해서는, 감면 미적용 시 원래 납부해야 할 양도소득세를 구한 뒤, 감면 적용 후 양도소득세를 차감하여 양도소득세 감면세액을 산출한 후, 0.2를 곱해주면 농어촌특별세가 되겠지요. 사례를 통해 구체적으로 살펴보겠습니다.

 

2. 취득일로부터 5년 이내 양도 vs 취득일로부터 5년 이후 양도 사례 비교

 

먼저, 아래와 같은 사실관계를 가정하고, '2.'항 제목과 같이 양도소득세를 비교해 보겠습니다.

 

① 조정대상지역 3주택 이상 소유 ② 양도대상주택은 조특법 제99조의2 특례주택에 해당함 ③ 취득가액 : 293,000,000원 / 취득일 : 2016. 10.경 ④ 기준시가는 대략적인 수치로 가정함. 2016년 기준시가 : 180,000,000 원 2021년 기준시가 : 286,000,000 원 2024년 기준시가 : 400,000,000 원 ⑤ 취득일로부터 5년 이내인 2021년 3.경 양도 시, 양도가액 : 530,000,000원, 5년 이후인 2024년 9.경 양도 시 양도가액 : 650,000,000원 (지인의 제안에 따라 설정한 양도가액임)

 

우선, 취득일인 2016. 10.경으로부터 5년 이내인 2021. 3.경에 해당 특례주택을 양도하는 경우, 납부할 세액은 얼마인지 살펴보겠습니다.

 

[표1]-조특법-99조의2-5년이내-양도-세금

 

위 [표1]과 같이, 양도소득세를 계산해보면, 해당 특례주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도할 경우, 납부할 세액은 12,501,040원(감면분 농어촌특별세)입니다(양도소득세 100% 감면 받는다고 하더라도, 감면분에 대한 농어촌특별세는 부담해야 한다는 점 유의하시기 바랍니다).

 

 

다음으로, 특례주택 취득일로부터 5년 경과한 2024년 9.경에 양도한 경우, 납부할 양도소득세 등은 얼마인지 살펴보겠습니다.

 

[표2]-조특법-99조의2-5년이후-양도-세금

 

위 [표2] 중 감면대상소득금액***은 아래와 같이 산정되었습니다.

 

307,020,000(양도소득금액)*[286,000,000(취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가)-180,000,000(취득시 기준시가)] / [400,000,000(양도시 기준시가)-180,000,000(취득시 기준시가)]

 

그리고 위 [표2] 중 감면세액**에 있어, 감면 미적용 시 산출세액은 아래와 같이 산정되었습니다.

 

[표3]-감면-미적용-양도세-5년이후-양도-세금

 

 

이상과 같이, 대략적으로 납부할 세금을 계산해 보았습니다. 제시된 사실관계에 따르면, 해당 특례주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도할 경우, 해당 주택의 양도차익은 237,000,000원, 납부할 세금은 12,501,040원으로서, 대략적으로 224,498,960원 이익을 실현시킬 수 있습니다.

 

한편, 해당 특례주택을 취득일로부터 5년 경과한 후 양도할 경우, 해당 주택의 양도차익은 357,000,000원, 납부할 세금은 55,376,125원으로서, 대략적으로 301,623,875원 이익을 실현시킬 수 있습니다. 위와 같이, 취득일로부터 5년 경과한 이후, 해당 특례 주택 가격이 급격하게 상승할 요인이 있는 경우에는 좀 더 기다렸다가 처분하시는 게 좋습니다.

 

그러나 취득일로부터 5년 경과 이후, 주택가격 상승 가능성이 불확실한 경우에는 ,5년 이내에 처분하시는 것이 좋습니다. 왜냐하면, 정부의 기준시가 현실화 정책에 따라 취득일로부터 5년 이후 양도 당시 기준시가가 상당히 높게 책정될 가능성이 높기 때문입니다(이와 관련해서는, 세무사, 변호사 등 세무 전문가와 반드시 상담하여 결정하시기 바랍니다).

 

 

양도당시 기준시가가 높으면, [표2] 중 감면대상소득금액*** 산정에 있어 분모가 커지게 되므로, 위 감면대상소득금액이 적게 산정됩니다. 이에 따라 양도소득세가 많이 나오겠지요. 그렇다면, 해당 특례주택을 처분함으로써 얻게 될 이익이 예상보다 크지 않을 수 있습니다.

 

 

3. 맺으며

 

이상과 같이, 조세특례제한법 제99조의2 적용시 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우, 양도소득세는 어떻게 되는지 계산방법 등에 대해 매우 자세히 살펴보았습니다. 언제 해당 주택을 처분할지 결정하는 것은 매우 중요합니다. 조특법상 특례주택의 경우, 취득일로부터 5년 경과 후 가격이 오르지 않거나 오른다고 하더라도 그 상승폭이 미약한 경우, 취득일로부터 5년 이내에 매도하는 것이 절세에 있어 유리하다고 보여집니다. '2.'항의 사례는, 5년 경과 이후 가격이 비교적 급격하게 상승한 경우를 가정한 것이기에, 일반화시키기 어려우므로, 참고만 하시길 바랍니다.

 

자신이 처한 구체적인 사정에 맞게 처분 시점을 결정하는 게 제일 중요하며, 처분 시에는 반드시 세무사 등 여러 전문가와 상담을 받고 진행하시길 바랍니다. 기타 조세특례제한법 제99조의2 양도세 100% 감면과 관련하여 서두에서 말씀드린 포스팅을 첨부하였으니, 꼭 확인해 주시기 바랍니다.

 

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